王泽峰

2023-05-14 16:17| 来源: 网络整理| 查看: 265

简历 2015-至　今：中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所，所长，研究员 2013-2014年：美国北卡大学教堂山分校，副教授（终身教职） 2007-2013年：美国北卡大学教堂山分校，助理教授（终身教职序列） 2002-2006年：美国麻省理工学院，博士后 1997-2002年：约翰霍普金斯大学医学院，生物化学系博士 1994-1997年：中国科学院生物物理研究所，生物化学系硕士 1992-1994年：清华大学,自动化系学士（第二学位） 1989-1994年：清华大学, 生物科学与技术系学士

研究内容（1）阐析转录组RNA可变剪接的柔性调控以及由反向剪接生成的环状RNA功能：①从随机序列中系统性鉴定新的内含子剪接增强子ISE及与之特异结合的新剪接因子，发现ISE的活力受其在pre-mRNA上相对位置影响（Nat Struct Mol Biol 2012, 通讯作者）；②系统性鉴定新的内含子剪接沉默子ISS及与之特异结合的新剪接因子，提出RNA-蛋白网络对剪接柔性调控的新模型（Nat Struct Mol Biol 2013, 共同通讯作者）；③创建用于研究RNA剪接调控的新报告系统（Methods 2014, 共同通讯作者）；④发现剪接因子中的RNA识别结构域在进化中被大量复制（RNA 2014, 通讯作者）；⑤发现环形RNA的反式剪接成熟机制并证实其所含ORF能被翻译成蛋白质（RNA 2015, 通讯作者）；⑥揭示了环状RNA可作为编码蛋白的信使RNA新功能，并发现其翻译可由RNA的碱基编辑驱动（Cell Research 2017, 通讯作者）。本结果被Science和Nature Review做了亮点评论。（2）揭示癌细胞中可变剪接异化的专一性调控及其生物学功能：①发现选择性剪接在细胞周期中有着时序性调控，并影响着癌细胞的生长（eLife 2016, Cell Research 2016, 通讯作者）；②发现剪接因子RBM4的抑癌机理并在全转录组鉴定出RBM4的靶点基因（Cancer Cell 2014, 共同通讯作者），被评为2014年研究亮点；③发现细胞增值过程DAZAP1响应MEK/ERK信号转导通路对RNA剪接进行调控的机制（Nat Commun 2014, 通讯作者）；④利用癌症的致病基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA），鉴定出癌症细胞中可变剪接发生异化的163个基因（Oncotargets 2015, 共同通讯作者）。（3）利用模块化合成系统设计构建特异性调控RNA剪接加工的人工蛋白质：①用PUF结构域和调控剪接的功能域来构建人工剪接因子，并成功矫正了癌细胞中的病理性剪接异化（Nat Methods 2009, 通讯作者），被F1000评论推荐，并被Nature属下Science-Business Exchange (SciBX)专文评论为“This is a very elegant, imaginative and novel approach to build an artificial splicing factor from scratch”；②将PUF结构域和RNA内切酶组装成为人工RNA内切酶，从而特异性识别并降解线粒体编码的mRNA（Nat Commun 2013, 通讯作者）；③构建人工RNA内切酶，特异性降解强直性肌营养不良症中的毒性RNA，从而研发了此遗传疾病的一种新疗法（Mol Ther 2014, 通讯作者）；④整合PUF结构域特异识别所有RNA碱基的完善规则，使得PUF对RNA的特异结合，扩展到任意RNA序列（J Biol Chem 2011, 通讯作者；FESBS J 共同通讯作者），其中J Biol Chem论文被评为当周最佳论文（Paper of the week）；⑤设计构建了基于CRISPR-cas体系的mRNA翻译操纵系统（ACS Synth Biol 2015, 共同通讯作者）。

代表性论文(* 通讯作者）

Zhao YY, Mao MW, Zhang WJ, Wang J, Li HT, Yang Y, Wang Z*, Wu JW*. Expanding RNA binding specificity and affinity of engineered PUF domains. Nucleic Acids Research 2018 May 18;46(9):4771-4782. Yang Y, Fan X, Mao M, Song X, Wu P, Zhang Y, Jin Y, Yang Y, Chen L, Wang Y, Wong CL, Xiao XG, Wang Z*. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine. Cell research 2017 May;27(5):626-641. Hu J, Khodadadi-Jamayran A, Mao M, Shah K, Yang Z, Nasim MT, Wang Z*, Jiang H. AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nature Communications 2016 Nov 8;7:13347. Dominguez D, Tsai YH, Gomez N, Jha DK, Davis I, Wang Z*. A high-resolution transcriptome map of cell cycle reveals novel connections between periodic genes and cancer. Cell Res 2016;26(8):946-962. Li R, Dong Q, Yuan X, Zeng X, Gao Y, Chiao C, Li H, Zhao X, Keles S, Wang Z*, Chang Q. Misregulation of Alternative Splicing in a Mouse Model of Rett Syndrome. Plos Genetics 2016;12(6):e1006129. Dominguez D, Tsai YH, Weatheritt R, Wang Y, Blencowe B, Wang Z*. An Extensive Program of Periodic Alternative Splicing Linked to Cell Cycle Progression. Elife 2016;5:e10288. Qi Y, Yu J, Han W, Fan X, Qian H, Wei H, Tsai YH, Zhao J, Zhang W, Liu Q, Meng S, Wang Y, Wang Z*. A splicing switch of TEAD4 regulates Hippo-YAP signaling pathway to inhibit tumor proliferation. Nat Commun 2016;7:ncomms11840. Wang Y, Chen D, Qian H, Tsai YS, Shao S, Dominguez D, Wang Z. The splicing factor RBM4 controls apoptosis, proliferation, and migration to suppress tumor progression. Cancer Cell 2014;26(3):374-389. Choudhury R, Ghose Roy S, Tsai YS, Tripathy A, Graves LM, Wang Z. The splicing activator DAZAP1 integrates splicing control into MEK/Erk regulated cell proliferation and migration. Nat Commun 2014;5(2):3078. Matera AG* and Wang Z*. A day in the life of the spliceosome. Nature Reviews Molecular Cell Biology 2014;15(2):108-121. Zhang W, Wang Y, Dong S, Choudhury R, Jin Y, Wang Z. Treatment of type 1 Myotonic Dystrophy by engineering site-specific RNA endonucleases that target (CUG)n repeats. Molecular Therapy 2014;22(2):312-320. Wang Y, Xiao X, Zhang J, Choudhury R, Robertson A, Li K, Ma M, Burge CB and Wang Z. A complex network of factors with overlapping affinities represses splicing through intronic elements. Nature Structural & Molecular Biology 2013;20(1):36-45. Choudhury R, Dominguez D, Wang Y and Wang Z. Engineering RNA endonucleases with customized sequence specificities. Nature Communications 2012;3(4):1147. Wang Y, Ma M, Xiao XS, Wang Z. Intronic splicing enhancers, cognate splicing factors and context dependent regulation rules. Nature Structural & Molecular Biology 2012;19(10):1044-1052. Wang Y, Cheong CG, Hall TM, Wang Z. Engineering splicing factors with designed specificities. Nature Methods 2009;6(11):825-830. Xiao X, Wang Z, Jang M, Nutiu R, Wang ET, Burge CB. Splice site strength-dependent activity and genetic buffering by poly-G runs. Nature Structural & Molecular Biology 2009;16(10):1094-1100. Wang Z, Nostrand EV, Xiao XS, Burge CB. General and specific functions of exonic splicing silencers in splicing Control. Molecular Cell 2006;23(1):61-70. Wang Z, Rolish M, Yeo G, Tung V, Mawson M, Burge CB. Systematic identification and analysis of exonic splicing silencers. Cell 2004;119(6):831-845.

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